Secara geografis, Desa Glapan terletak pada posisi 11 ⁰ Lintang Selatan dan 30 ⁰ Bujur timur serta terletak di sepanjang Jalan Raya Gubug-Penadaran km. 11. Topografi ketinggian dari Desa Glapan adalah berupa daratan yaitu sekitar 300 m di atas permukaan air laut. Sesuai juga dengan topografi wilayah Grobogan, Desa Glapan terdapat sungai dari selatan yaitu Sungai Tuntang.

Secara administratif, Desa Glapan terletak di wilayah Kecamatan Gubug Kabupaten Grobogan dengan posisi yang dibatasi oleh wilayah desa-desa tetangga. Di sebelah Utara, Desa Glapan berbatasan dengan Desa Ginggangtani Kecamatan Gubug. Untuk sebelah Barat, Desa Glapan berbatasan dengan Desa Trisari Kecamatan Gubug dan Desa Wates Kecamatan Kedungjati. Sedangkan sebelah Selatan, Desa Glapan berbatasan dengan Desa Penadaran Kecamatan Gubug. Dan untuk di sebelah Timur, Desa Glapan berbatasan dengan Desa Ginggangtani Kecamatan Gubug.

Untuk jarak tempuh Desa Glapan ke ibu kecamatan kurang lebih adalah 10 km yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 20 menit. Sedangkan untuk jarak tempuh ke ibu kota kabupaten adalah 33 km, yang dapat ditempuh dengan waktu sekitar 45 menit.

Sementara itu, untuk total keseluruhan luas wilayah Desa Glapan adalah 425 Hektar. Dengan rinciannya adalah pemukiman seluas 35 Hektar, pekarangan 25 Hektar, sawah 65 Hektar, tegal 15 Hektar, prasarana umum 15 Hektar, dan yang terakhir adalah hutan dengan luas 225 Hektar.

Desa Glapan terdiri dari 3 Dusun dengan total 5 RW serta total 18 RT dengan rincian sebagai berikut :

No	Dusun	Jumlah RW	Jumlah RT
1	Krajan	2	8
2	Brebes	1	3
3.	Nangkluk	2	7
J u m l a h		5	18